ตำบลเซกา เป็นตำบลที่เก่าแก่ ตั้งมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2400 จนถึงปัจจุบัน คำว่า “เซกา” ประวัติมีว่าผู้เฒ่าคนหนึ่ง ชื่อจันทรโคตร อพยพมาจากบ้านซาง เสาะหาที่ทำกินใหม่ มาถึงที่แห่งหนึ่งเป็นที่ราบลุ่มอันสมบูรณ์มีแหล่งน้ำมากมาย จึงได้บอกข่าวนี้แก่ญาติพี่น้อง ผู้คนทั้งหลายจึงอพยพมาอยู่ ณ บริเวณแห่งนี้ ผู้คนจึงเอาไซ (เครื่องมือจับปลาพื้นเมือง)
ลงไปดักปลาตามลำห้วย ได้ปลามากมายจนขนไม่ไหวจึงต้องเทปลาทิ้งไว้บนฝั่ง มีอีกามากินปลาที่ชาวบ้านทิ้งไว้ คนจึงเรียกบ้านนี้ว่า “บ้านไซกา” ต่อมาเพี้ยนเป็น “เซกา” ประชาชนส่วนใหญ่พูดภาษาไทยอีสาน นับถือศาสนาพุทธเป็นส่วนใหญ่ตั้งอยู่ในเขตการปกครองของอำเภอเซกา

องค์การบริหารส่วนตำบลเซกา ได้ยกฐานะจากสภาตำบลเซกาเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลเซกา เมื่อปีพุทธศักราช 2540 ตามพระราชบัญญัติสภาตำบล องค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ.2537 แก้ไขเพิ่มเติมฉบับที่ 6 พ.ศ.2552 มีที่ตั้งอยู่ที่เลขที่ 181 หมู่ที่ 18 ตำบลเซกา อำเภอเซกา จังหวัดบึงกาฬ โดยมีผู้มีอำนาจลงนาม คือ นายสม เสี่ยงโชคอยู่ ตำแหน่งนายกองค์การบริหารส่วนตำบลเซกา